Hiroshi Shiba ha un grave incidente durante una corsa automobilistica, ma rimane illeso. Contemporaneamente nel sottosuolo si risveglia l'antico popolo Yamatai, la cui regina Himica, vuole riprendere possesso del Giappone. Il dottor Shiba, padre di Hiroshi da tempo conosce questo pericolo, e accortosi degli eventi nel sottosuolo, corre ad avvertire il figlio dell'esistenza di Jeeg. Viene fermato da Ikima, ministro di Himica, che vuole indietro la campana di bronzo ritrovata dallo scienziato. Lasciato per morto, viene soccorso dalla sua assistente Miwa che lo porta dal figlio, a cui lascia le sue ultime volontà. Il giorno dopo al centro antiatomico Hiroshi scopre che il padre ha immagazzinato in un computer le sue conoscienze, e gli rivela che lui è Jeeg il robot d'acciaio, unico in grado di fermare i suoi assassini. Un attacco alla città induce Hiroshi a intervenire e a trasformarsi in Jeeg. L'inesperienza del giovane gli rende difficile perfino l'unione dei componenti che formano il robot, ma nonostante ciò la battaglia si risolve con la sua vittoria.

Hiroshi è ipegnato con Miwa negli allenamenti per tarsformarsi in Jeeg lanciandosi dal Big Shooter, ma senza riuscirci. Nel frattempo Mayumi, la sua sorellina, tornata a casa da scuola viene rapita da Amaso, che chiede in cambio la campana di bronzo. Hiroshi và all'appuntamento da solo, e viene ferito nell'inutile tentativo di liberare sua sorella. Una volta ristabilito, per impedire che sua madre si consegni in cambio di Mayumi, parte con Miwa e riesce a trasformarsi in volo, a liberare sua sorella e a distruggere il mostro aniwa. Tornato al centro convince sua madre a lasciare il lavoro, impegnandosi a provvedere alla famiglia.

hiroshi si trasferisce a casa dei suoi per mantenere il suo impegno. Intanto Himica è furibonda per i recenti insuccessi, e Mimashi si propone per un piano d'attacco. Trasforma un mostro aniwa in un pallone che si avvicina ad un bambino ed in cambio della promessa di renderlo un campione di basket, gli chiede di portarlo a casa di Hiroshi. Ma dal centro rilevano le emissioni magnetiche del pallone e Miwa intercetta il bimbo col Big Shooter. Scoperto il mostro attacca ed hiroshi interviene. Nonostante le iniziali difficoltà, per la presnza delle linee dell'alta tensione che interferiscono con il materiale ipermagnetico di cui è costituito Jeeg, hiroshi incoraggiato dal padre, riesce a vincere.

Al centro antiatomico si stanno realizzando i missili perforanti, con cui jeeg sarà in grado di volare. Intanto due aerei vengono abbattuti vicino al luogo dove viene ritrovata una enorme statua di budda. Hiroshi non da peso agli eventi, ma passando vicino al budda ne preleva un frammento. Le analisi rilevano radioattività: il budda è in realtà un mostro aniwa, che passa subito all'attacco. Entrati in azione Hiroshi rimane travolto da un traliccio e Miwa precipita in uno scontro con l'astronave di Amaso. Appena ripreso dal brutto colpo, Hiroshi si trasforma in Jeeg, ma è in inferiorità rispetto al mostro volante che si libera dal budda. Solo l'invio dei missili perforanti dal centro antiartomico capovolge le sorti.

Il sole sta' manifestando una intensa attività magnetica, a causa del fenomeno delle macchie solari. Himica ne approfitta attaccando con un mostro nel momento di massima intensità. L'interferenza magnetica rende le cose difficili per Miwa che a stento riesce a volare col Big Shooter e per Hiroshi che non riesce a mantenere unito il corpo di Jeeg. La sua testa viene catturata dal mostro, e solo l'interveto di Don, col suo nuovo robot Mecadon, dà a Hiroshi il tempo necessario per riprendersi. Finita infatti la tempesta magnetica riesce a ricomporsi e a sconfiggere il terribile mostro con l'aiuto dei missili perforanti.

Durante una corsa automobilistica Hiroshi viene attaccato da un mostro aniva, e viene salvato da un compagno di corse. Trasformatosi in Jeeg mette facilmente in fuga il nemico; il coraggioso pilota però rimane ferito, e Hiroshi accetta di occuparsi di sua figlia. La bambina è invalida e non riesce a camminare neanche dopo molti tentativi. Il mostro aniva torna all'attacco e stavolta è preparato ad affrontare Jeeg, che viene danneggiato seriamente, e solo con l'aiuto del bazooka spaziale riesce a vincere. La bambina che ha assistito alla battaglia trova la forza di alzarsi e camminare verso Jeeg.

Nel lago vicino al centro antiatomico moltissimi pesci sono morti a causa della radioattività. Miwa scende in fondo al lago per indagare e ne trova la fonte: un mostro aniva che la irradia con un raggio contaminandola. Tornata al centro si sente malissimo e non può intervenire al successivo attacco del mostro. Hiroshi è da solo e si salva solo grazie all'intervento del Mecadon. Curato dalla madre apprende le condizioni di Miwa. Il mostro intanto si avvicina alla diga per contaminarne le acque, quindi Hiroshi deve intervenire. Miwa lo aiuta nonostante si regga in piedi a malapena, e insieme i due sconfiggono il nemico.

Don sfida Hiroshi ad una gara in moto, ma si sentendosi ridicolizzato dalla bravura del rivale. Allora provoca un incidente in cui Hiroshi batte la testa; appena si riprende deve intervenire per l'attacco di un mostro aniva, ma viene sconfitto dato che il colpo gli ha fatto perdere la vista. Ricoverato non può che restare a letto, mentre Miwa decide di affrontare il mostro da sola. Anche Don scende in campo, ma con risultati disastrosi. Hiroshi si riprende e lascia l'ospedale nonostante la cecità. Disorientato prega il padre per un auito: un fulmine lo colpisce ridonandogli la vista. Libero di intervenire riesce a distruggere il mostro col bazooka spaziale.

Mayumi sogna la principessa delle nevi, personaggio di una popolare fiaba. In realtà la principessa delle nevi è una creatura dotata di poteri magici che Himica usa per attirare la bambina, per poi usarla come esca contro Hiroshi. Il trucco riesce e quando questo è alla sua mercè, nelle acque gelide del lago, la principessa non riesce ad ucciderlo congelandolo per timore di uccidere anche Mayumi. Costretta di nuovo ad attirare Mayumi e Hiroshi in una trappola, si ribella e viene trasformata in un mostro che Jeeg è costretto ad uccidere.

Ikima mette a punto un piano che consiste nell'individuare il punto d'uscita del Big Shooter con un primo attacco, per poi bloccarne l'uscita con l'astronave madre durante un attacco successivo. In questo modo Hiroshi si trova ad affrontare il mostro aniva senza il corpo di Jeeg. Nonostante ciò mette in difficoltà il mostro ed Amaso, che divide il comando dell'operazione con Ikima, decide di intervenire liberando la via a Miwa. Raggiunto Jeeg può così lanciare i componenti e la vittoria è immediata.

himica localizza con precisione la rampa di uscita del Big Shooter, e invia un mostro per attaccarla. Hiroshi a pesca sul lago interviene ma, stordito dal mostro, resta incosciente sul fondo per ore, mentre alla base si difendono a stento dall'attacco. Rinvenuto inizia ad avere dubbi sulla sua vera natura, ma non he tempo di pensare perchè il mostro attacca ancora, stavola dal sottosuolo. Trasformato in Jeeg usa i missili perforanti per raggiungerlo e distruggerlo. Coinvolto nell'esplosione sotterranea ne esce indenne, e questo aumenta i suoi dubbi, ma il padre non gli risponde.

Vedendo Mayumi che gioca coi suoi guanti senza che le accada nulla, Hiroshi ha la conferma definitiva ai dubbi sulla sua diversità. Drante il successivo attacco Himica lo cattura per farsi svelare il segreto della campana di bronzo, e mentre lo tiene prigioniero, fa attaccare il centro dal mostro aniva. Hiroshi però riesce a liberarsi e a tornare al centro appena in tempo per sconfiggere il nemico. A battaglia finita i dubbi restano.

Uno scienziato amico del Dott. Shiba viene catturato da Himica. Questa vuole usarlo come ambasciatore presso il centro antiatomico, al fine di riavere la sua campana di bronzo. Tornato al centro lo scienziato non riesce a convincere il Dott. Dairy, e nonostante ciò torna da Himica per perorare la causa della pace, ma questa lo uccide per il fallimento. Miwa dal Big Shooter assiste all'assassinio e viene abbattuta. Hiroshi affronta da solo il mostro, solo dopo che il padre gli confida che lui è in realtà una sorta di superman. Sbaragliato il nemico ad Hiroshi non resta che meditare sulla incredibile rivelazione.

Hiroshi è sconvolto dalla recente rivelazione, e si chiude in se e rifiutandosi di combattere. A nulla servono i tentativi di Miwa e del padre per convincerlo a reagire. Himica si accorge della situazione e decide di sfruttarla. L'attacco al centro dà i suoi frutti; Hiroshi viene catturato e portato sottoterra dal mostro. Sono il Mecadon e il Big Shooter a salvarlo e solo allora questo si riprende, distruggendo il mostro e mettendo in fuga il nemico.

Pancho, l'assistente di Don, apprende di essere in realtà il figlio di un ricco principe. Don accecato dal danaro ne diventa schiavo, e così su suo ordine trasforma il Mecadon perchè possa volare. Intanto Himica sferra un attacco con un mostro volante rapidissimo che mette in difficoltà Jeeg, nonostante l'uso dei missili perforanti, e ferisce gravemente Miwa prima di fuggire. Al successivo attacco Miwa, nonostante sia debole, si fa portare al Big Shooter, ma precipita prima del lancio dei componenti. E' proprio Pancho, segretamente innamorato, che col Mecadon la salva permettendo a Jeeg di completare il suo corpo e di distruggere il mostro.

Hiroshi è perseguitato dall'incubo di un robot che gli dice che lui perderà la sua umanità combattendo come Jeeg. Intanto Himica prepara un fortissimo mostro che riesce a mettere in difficoltà Jeeg nonostante il suo corpo sia formato solo a metà. Durante l'attacco un amichetto di Mayumi resta ferito per salvare Hiroshi che si scuote dalla sua tristezza ed al sucessivo attacco combatte con vigore. Il mostro aniva nel frattempo ha completato il suo corpo e riesce a distruggere il Mecadon e a catturare Jeeg. Solo una scossa di terremoto da a Jeeg la possibilità di liberarsi e distruggere il nemico. Finalmente Hiroshi si rende conto dell'importanza della sua missione.

Don e Pancho tormentano il Dott. Dairi finchè questo non acconsente a progettare por loro il Mecadon 2. Durante i rumorosissimi lavori i due vengono visitati da un esperto di robotica che suggerisce loro di poenziare il robot con l'amplificatore di potenza del Big Shooter. In realtà si tratta di Mimashi che sta mettendo in atto un suo piano. Infatti di notte i due rubano il dispositivo e lo montano sul loro robot. L'attacco del mostro mette in difficoltà Miwa che non riesce a lanciare i componenti, e per farlo precipita. Jeeg è solo contro il tremendo mostro, ma l'intervento del Mecadon 2 gli da il tempo necessario a riprendersi e sconffiggere il nemico. Don e Pancho scoperti promettono di non fare mai più una cosa cosi folle.

Il Dott. Dairy vuole trasferire i dati che costituiscono la memoria del Dott. Shiba in un secondo elaboratore, situato in una zona parte fortificata della base antiatomica, che è anche una navicella in grado di volare. Intanto uno strano essere dalla consistenza gelatinosa, si introduce nella base ed attacca Miwa che riesce a dare l'allarme. L'essere si trasforma in un mostro aniva che inizia a distruggere tutto, diretto verso il computer principale. All'ultimo istante la memoria del Dott. Shiba viene trasferita al secondo elaboratore e il mostro viene fermato da Jeeg.

Himica risveglia dal regno dei morti Takeru, valoroso guerriero, e fornitagli la potenza di un mostro aniva lo invia contro Jeeg. Al primo attacco Takeru cattura Miwa, ma non la uccide poichè questa è la sosia della sua defunta moglie. Himica promette al guerriero che riporterà in vita anche sua moglie in caso di vittoria, ma comunque questo sceglie di battersi lealmente. Libera infatti Miwa ed attende che Hiroshi si trasformi, uccidendo addirittura il mostro inviato da Hikima e Amaso a sua insaputa. Dopo una lotta ad armi pari sarà però Jeeg a vincere.

Un mostro aniva attacca il parco dove Mayumi e una sua amichetta passeggiano. Hiroshi interviene ma viene trattenuto da un secondo mostro che lo costringe ed usare tutte le sue forze riducendolo in fin di vita. Fortunatamente il primo mostro viene cacciato dal Mecadon e da Miwa, ma Mayumi resta delusa del mancato intervento di Jeeg. Ricoverato al centro Hiroshi capisce che Jeeg rappresenta per Mayumi il padre che non ha più, e quindi al successivo attacco dei mostri decide di intervenire nonostante non si regga in piedi. Con alcune mosse molto abili sconfigge il nemico e riconquista la fiducia della sorellina.

Himica invia un mostro che deve attirare Jeeg all'interno di un vulcano in mezzo al mare. Questo infatti emette forti radiazioni elettromagnetiche che rendono debole il robot d'acciaio. Grazie agli strumenti del Big Shooter il dottor Shiba capisce l'inganno e ferma Hiroshi. Himica allora cattura l'aereo in cui è salito anche uno dei ricercatori del centro antiatomico, e minaccia di distruggerlo se Jeeg non entra nel vulcano. Hiroshi convinto dalle preghiere del figlio del ricercatore cede al ricatto. Nonostante il fote megnetismo, e grazie ai missili perforanti, riesce comunque a distruggere il mostro e a salvare tutti i passeggeri.

Una tromba d'aria giunge dall'oceano, e una volta a terra investe il Big Shooter che è andato a controllarla; in realtà si tratta di un mostro aniva che abbattuta Miwa si dirige verso la base. Approfittando del momento l'astronave di Himica cattura Hiroshi che è rimasto solo e lo mette sotto tortura per ucciderlo. Miwa si riprende e tenta di liberare Hiroshi, aiutata dal Mecadon, lanciato dalla base contro l'astronave nemica. Una volta libero Hiroshi si trasforma e attacca il mostro, che essendo capace di dividersi in tre parti lo mette in seria difficoltà. Ridotto allo stremo riesce a vincere facendo esplodere i missili perforanti caduti ai piedi del mostro.

Himica torna al suo primo obiettivo: impadronirsi della campana di bronzo. Per questo cattura il traghetto su cui è in gita Mayumi minacciando di farlo esplodere se Hiroshi non le consegna la campana. Il giovane tenta invano di farsi rivelare dal padre la vertà, e quindi decide di intervenire. Salito a bordo con uno strattagemma mette in fuga i soldati di Himica, ma non riesce a trovare la bomba. Intanto il mostro impedisce ai passeggeri la fuga e Jeeg interviene lasciando a Miwa la ricerca dell'ordigno. Grazie ai missili perforanti e al Mecadon 2 Jeeg sconfigge l'enorme mostro marino mentre Miwa trova la bomba e salva la nave grazie al cagnolino dell'amica di Mayumi.

Nei dintorni della base antiatomica persone e animali impazziscono dopo aver bevuto dell'acqua. Questo scatena le ire della popolazione che minaccia la chiusura del centro ritenuto responsabile dell'inquinamento. In realtà è Himica che ha inviato un mostro ad inquinare la diga, proprio per far chiudere la base antiatomica. Ma Hiroshi perlustrando il bosco circostante scopre il mostro e l'indomani tenta di convincere invano la popolazione. Himica intanto invia il mostro nel vicino zoo per scatenarne gli animali. Solo allora la verità è scoperta e Jeeg interviene. Il mostro lancia acido corrosivo che prima fa precipitare il Big Shooter e poi mette in difficoltà il robot d'acciaio, che ripresosi vince grazie ai missili perforanti.

Durante un rally Hiroshi viene catturato da un mostro che lo sottopone ad un condizionamento telepatico per poi abbandonarlo svenuto. Ricoverato al centro, prima che possa essere curato, è vittima dei comandi telepatici di Himica, che gli ordina di farsi rivelare il segreto della campana di bronzo. Solo la madre riesce a fermarlo, spezzando il legame telepatico usando una trottola che lui le aveva regalato da bambino. Mentre Hiroshi viene curato il mostro attacca. Ancora debole il ragazzo interviene, e nonostante il corpo di Jeeg venga distrutto una prima volta, riesce a distruggere il nemico grazie a un secondo lancio di componenti.

Hiroshi vuole che sua madre smetta di lavorare, e Shorty decide di andarsene per non essere di peso. Mentre Hiroshi lo cerca viene ferito al cuore da un arciere di Himica. Sopravvive grazie alla sua invulnerabilità, ma non può intervenire quando l'arciere tramutato in mostro attacca la base. Shorty parte con Miwa, ma il Big Shooter viene colpito. Allora Hiroshi decide di combattere anche a costo della vita. Affronta il mostro e lo sconfigge usandone il potentissimo arco. Convinto dallo spirito d'altruismo del figlio, il Dott. Shiba decide di svelargli il segreto della campana di bronzo, ma Hiroshi ha già capito che è questa che ha dato al suo cuore la forza di continuare a battere e al suo corpo il potere di trasformarsi in Jeeg.

Hiroshi viene sottoposto a durissimi allenamenti che mirano ad aumentarne la forza, ma crolla sotto le immani fatiche e viene ricoverato in una strana clinica. Il primario è in realtà Ikima, che riesce a scoprire che il cuore del giovane è contenuto in una strana capsula, forse legata alla campana di bronzo, e quindi decide di impadronirsene. Il tempestivo intervento di Miwa salva il giovane che si trova ad affrontare sia Ikima che Mimashi, ma gli allenamenti danno i loro frutti. Hiroshi si trasforma in una nuova forma più potente, e cattura i due ministri. A quel punto interviene un mostro aniva che risulta essere invulnerabile alle armi di Jeeg. Solo con una nuova arma, gli scudi rotanti Jeeg riesce a vincere.

Hiroshi si sente minacciato poichè Himica ha scoperto il suo segreto, e decide di attaccarla trascinando con se Miwa. Giunto nei pressi del luogo dove il padre trovò la campana di bronzo, viene avvistato da Himica che gli manda contro un mostro. Questo grazie ad un raggio che distorce la realtà rende Hiroshi incapace di trasformarsi, ed Himica decide di ucciderlo di persona. Intanto Dairi corre in aiuto del giovane con la naviella spaziale, e collauda con l'occasione il modulo H 305, un cavallo robot che distrae il mostro così da permettere ad Hiroshi di trasformarsi. Unendosi al cavallo Jeeg forma un centauro, distrugge il mostro e, messa in fuga Himica, ne scopre con maggiore certezza l'ingresso del regno sotterraneo.

Himica forza allo stremo i suoi poteri fino a carpire dalla radiografia del petto di Hiroshi il segreto della campana di bronzo. Intanto alla base vengono callaudati i missili super perforanti che serviranno a portare l'attacco finale nel regno di Himica. Ma è già tardi. Infatti la regina risveglia il signore del drago, l'imperatore delle tenebre che la uccide e ne prende il posto. Jeeg intanto attacca il sottosuolo, ma viene respinto dall'esercito dell'imperatore delle tenebre, ben più forte di quello di Himica, e costretto alla fuga. Dai racconti di Hiroshi il Dott. Shiba capisce che il segreto della campana di bronzo è stato svelato, e che un nuovo e più potente nemico minaccaia ora l'umanità.

Durante una gita Miwa viene catturata da un individuo che la assorbe con uno strano apparecchio fotografico. E' Ikima che poi ne fa assumere la sembianze ad un robot, che tornato al centro antiatomico inserisce delle bombe nei componeti di Jeeg. Al successivo attacco al centro Jeeg interviene ma appena uniti i componenti esplode senza lasciare traccia. Intanto anche il mostro attacca, ostacolato dal Mecadon, e all'improvviso dal sottosuolo esce Jeeg intatto. Ma Miwa è ancora prigioniera nella testa del mostro, che Hiroshi riese a staccare salvando la ragazza. Il mostro fugge tuffandosi nel lago e Jeeg lo raggiunge grazie ai nuovi componenti subaquei e lo distrugge.

Degli inspiegabili incidenti creano il panico in città, e mettono Hiroshi in agitazione, che si sente impotente. Durante una perlustrazione si scopre che la causa è un mostro volante, che usa dei potentissimi raggi. Jeeg lo affronta, ma coi missili perforanti è comunque in inferiorità, e viene abbattuto. Miwa torna al centro a prendere nuovi componenti, mentre Jeeg a stento fronteggia il nemico. Al ritorno del Big Shooter Jeeg riceve gli astro componenti che ribaltano la situazione e gli permettono di vincere agilmente.

Il signore delle tenebre chiama a se Flora, cui affida il comando del suo esercito, e che invia all'attacco del centro antiatomico. Mimashi intanto organizza una rivolta contro l'assassino di Himica, approfittando dell'assenza del grosso delle truppe. Mentre Hiroshi affronta un mostro nel lago coi componenti subaquei, l'Imperatore che sta per essere sopraffatto richiama a se il suo esercito, uccide Mimashi e imprigiona gli altri due ministri. Hiroshi, che era in difficoltà, si salva senza sapere il motivo, ma resta incagliato sul fondo e viene recuperato da Miwa e dal Mecadon.

Ikima e Amaso vogliono riconquistare la fiducia dell'Imperatore delle tenebre uccidendo Hiroshi. Fuggono dalla loro prigione e in occasione di una gara automobilistica mettono una bomba sull'auto di Hiroshi e si sostituiscono a Pancho e Don. Col Mecadon attaccano Hiroshi, la cui auto esplode se questi rallenta al di sotto degli 80 Km/h. Solo la sua abilità di pilota gli permette di salvare Shorty e se stesso appena in tempo per affrontare il mostro aniva e sconfiggerlo.

Flora viene incaricata di attaccare la fabbrica dei componenti di Jeeg, per attirarlo allo scoperto con la minaccia di far esplodere il reattore nucleare. Dopo una prima battaglia nel lago, Jeeg affronta l'astronave madre in cielo, ma viene catturato e privato di tutte le energie. Anche Miwa viene abbattuta e al Dottor Shiba non resta altra scelta che intervenire con la navicella spaziale. Riesce così a mettere in fuga Flora ed a recuperare il Big Shooter. Jeeg è quasi allo stremo, ma viene rifornito di energia e può sconfiggere facilmente il mostro rimasto ormai solo.

Il grande Imperatore ordina a Flora di mettere a punto un piano che distrugga per sempre Jeeg. Flora pensa di attaccare Hiroshi sul suo punto debole: la sua famiglia. Così dopo ripetuti attacchi alla sorella e a sua madre Hiroshi decide di difenderle rifiutando di intervenire anche quando un mostro aniva attacca il centro. La madre allora gli ricorda i suoi doveri, e Hiroshi ubbidisce anche se a costo di lasciarla indifesa di fronte all'esercito del Signore del Drago. Trasformatosi in Jeeg affronta il mostro, che era già penetrato alla base antiatomica, mentre Miwa corre a salvare la sua famiglia. Messo alle strette trova la forza di reagire solo grazie al pensiero di combattere per la difesa dei suoi cari.

Una strana ondata di freddo uccide tutti i fiori, tranne una rosa nera nel giardino di un ospedale. Si tratta di un piano di Flora, più che mai decisa ad attaccare Hiroshi servendosi delle sue debolezze umane. Infatti c'è una ragazza in fin di vita che ama molto i fiori e Hiroshi le promette che proteggerà la rosa. Flora lo attacca, ma dopo averlo congelato viene fermata dal Mecadon. All'arrivo del mostro la donna tenta di nuovo di cogliere la rosa ma Hiroshi la ferma ancora e stavolta la sconfigge. Flora racconta di servire il Grande Imperatore poiché lui la ha riportata in vita dopo che ere stata uccisa dal suo esercito, e che i sentimentalismi sono per lei solo un ostacolo. Hiroshi ne ha pietà, la lascia fuggire e corre e sconfiggere il mostro usndo il modulo H 305. La ragazza malata però muore e ad Hiroshi resta la consolazione di averla resa felice nei suoi ultimi giorni.

Hiroshi è convinto che Flora sia in realtà buona d'animo, e spera di trovare in lei una alleata per negoziare la pace. Quindi parte verso il regno Yamatai portando con se Miwa. In realtà è Flora che per ordine del Grande Imperatore usa i suoi poteri telepatici per attirare Hiroshi in una trappola. Infatti ad attenderlo c'è l'astronave madre chiude Jeeg in un vulcano dove un mostro aniva lo getta nelle lava per fonderlo. Nonostante le difficoltà Hiroshi si libera e parla con Flora ma non viene ascoltato, anche se alla fine la ragazza non riesce ad ucciderlo. Non resta allora che fuggire dal sottosuolo e solo l'azione combinata del Big Shooter e della navicella del centro ricerche, permettono a Jeeg di danneggiare l'astronave nemica.

Il Grande Imperatore punisce severamente Flora e manda Ikima ed Amaso a vendicarelo dell'attacco di Jeeg. Questi raggiungono alcuni archeologi che hanno trovato gli scheletri di un mammuth e di un ragazzo, che riportano in vita, ed inviano contro la città. Miwa intanto è impegnata a spegnere l'incendio che il ragazzo ha provocato nel bosco e quindi Hiroshi interviene da solo cercando di non uccidere i due esseri preistorici. Miwa viene attaccata dall'astronave madre così Hiroshi lascia il Mammut prigioniero del Mecadon e attacca l'astronave col modulo H 305. Ma il mammuth si libera e si dirige verso il centro. Jeeg deve attaccarlo e, a malincuore, lo ferisce. Morente il mammuth si getta nel lago dove col ragazzo torna ad essere uno scheletro.

Miwa ha un malore mentre è in perlustrazione e rischia di precipitare. Il Dott. Dairy le ordina di riposarsi e lei a malincuore se ne va a fare una passeggiata in città. Incontra Kikue, la madre di Hiroshi che la consola dicendole che la ama come una figlia. Improvvisamente un mostro attacca la città e le due donne fuggono, ma vengono raggiunte da Flora e i suoi soldati. Miwa riesce a metterli in fuga, ma sviene ed è ricoverata. Hiroshi affronta il mostro da solo, ma Flora cattura sua madre e Miwa, che assiste alla scena dalle finestre dell'ospedale, corre a prendere il Big Shooter. Raggiunto il mostro salva Kikue e lancia gli astro componenti con cui Jeeg sconfigge il nemico.

Mayumi perde il suo cagnolino, e dopo un rimprovero di Hiroshi esce a cercarlo nonostante la pioggia. Il suo raffreddore si aggrava in polmonite e il fratello se ne sente in colpa. Intanto due mostri attaccano il centro antiatomico, usando uno speciale raggio omega, in grado di bloccare ogni impulso elettrico e magnetico. Hiroshi non vuole separasi dalla sorella delirante, ma deve intervenire e cade vittima dei due potenti nemici. Il suo corpo cade a pezzi, incapace di unirsi, e solo il pensiero della sorella che combatte contro la morte gli da la forza necessaria a ricomporre il suo corpo ed affrontare i nemici. Flora resta turbata dall'incredibile forza d'animo del giovane, e dal grande amore che unisce la sua famiglia.

Ikima ed Amaso pregano perchè la loro regina possa ritornare dall'oltretomba, e in risposta alle loro preghiere questa si reincarna nel corpo di un mostro aniva. Impadronitisi dell'astronave madre i tre attaccano il centro antiatomico. Hiroshi interviene ma Himica lo avvolge in una zona d'ombra in cui il giovane è inerme perché non distingue la realtà dall'illusione. Approfittando del momento il Grande Imperatore attacca il centro con la sua astronave imperiale, ma viene inviato il modulo H 305 che salva Hiroshi da Himica, che viene distrutta. Jeeg affronta l'astronave imperiale e riesce a metterla in fuga salvando il centro antiatomico.

Un grosso meteorite precipita vicino al centro antiatomico. Miwa e Hiroshi vanno a controllare e scoprono che in realtà si tratta di un mostro aniva che attacca Jeeg ricoprendolo di frammenti di meteorite, e spedendolo nello spazio sfruttandone il magnetismo. Ad attenderlo c'è l'astronave madre che lo rinchiude in una sala dove viene sommerso dalla lava. Intanto il mostro attacca il centro, e Miwa ed il Mecadon possono ben poco. Interviene allora la navicella spaziale che decolla e libera Jeeg fornendolo del modulo H 305 con cui questo rientra sulla terra e sconfigge il mostro aniva.

Hiroshi è invitato all'inaugurazione di un nuovo ristorante, che si scopre essere in realtà l'astronave madre dell'impero Yamatai. Il giovane viene catturato e legato in una sala piena di esplosivi, mentre l'astronave vola contro il centro per travolgerlo e esplodere con esso. Hiroshi tenta di convincere Flora della crudeltà del suo Imperatore, raccontandole che è lui che le ha ucciso la famiglia. Flora cerca di convincere l'imperatore, ma è accusata di tradimento. Fugge e corre a liberare Hiroshi, ma resta nell'astronave ed esplode con essa. Prima di morire ringrazia Hiroshi per averle restituito la sua umanità ed averle fatto capire il significato della parola amore.

Hiroshi sente incombere su di se la minaccia del Grande Imperatore, e .... Intanto l'imperatore, insoddisfatto della forza dei suoi mostri, decide di scendere in battaglia di persona. Durante la battaglia aerea Jeeg ha il sopravvento, ma l'astronave imperiale scende a terra ne esce un mostro che immobilizza Hiroshi mentre l'imperatore lo ferisce con la sua spada. Mentre il mostro attacca il Big Shooter Hiroshi è in balia dell'imperatore e solo grazie all'incoraggiamento dl padre trova la forza di reagire ferendo l'Imperatore con la su stessa spada, che viene soccorso dai suoi ministri. Ad Hiroshi restano appena le forze per distruggere il mostro e gridare all'Imperatore in fuga che presto lo sconfiggerà.

Hiroshi è al ristorante con la sua famiglia, e annuncia la sua intenzione di mettere fine alla guerr attaccando i suoi nemici. Ma d'improvviso i soldati dell'impero lo attaccano. Miwa mette in salvo gli altri e corre al Big Shooter mentre Hiroshi è intrappolato da una rete ipermagnetica. Intanto l'Imperatore attacca col suo esercito la base antiatomica, mentre Mecadon libera Hiroshi, che trasformatosi sconfigge il mostro. Mentre tenta di raggiungere la base viene fermato da un secondo mostro che lo priva delle ultime energie. Il padre allora decolla con la navicella spaziale per distruggere a prezzo della vita l'astronave madre Yamatai. Hiroshi, vedendo il padre morire, reagisce e attacca ma si trova di fronte anche il Grande Imperatore. Armato dei missili perforanti e fiancheggiato da Miwa Jeeg riesce a distruggerli in un solo colpo. Alla base tutti assistono e solo allora Mayumi scopre la vera identità di Jeeg.

L'ultimo episodio di Jeeg è il precedente, questo è solo una raccolta di tutte le battaglie che il Robot d'Acciaio è stato costretto a combattere per raggiungere l'agognata vittoria finale.